Pendidikan Budi Pekerti di Sekolah Wijaya Putra berfokus pada pembentukan karakter, kedisiplinan, tanggung jawab, sopan santun, serta nilai-nilai moral dan etika dalam kehidupan sehari-hari peserta didik melalui pembiasaan, keteladanan, dan kegiatan sekolah yang terintegrasi.